南宋末年，赤练仙子李莫愁（孟广美 饰）在江南一带找昔日恋人陆展元（胡东 饰）寻仇。大侠郭靖（王洛勇 饰）与妻子黄蓉（孔琳 饰）在帮忙救助陆展元一家时，发现了乞丐少年杨过（叮当 饰）是其结拜兄弟杨康之子，于是带他回到桃花岛并送到了全真教学艺。成年后的杨过（黄晓明 饰）在全真教中受尽欺辱，幸亏得到了古墓派传人小龙女（刘亦菲 饰）的搭救，从此以后杨过便拜在小龙女门下，并与她开展了一段旷世绝恋。与此同时，郭靖的两个女儿郭芙（陈紫函 饰）与郭襄（杨幂 饰）都阴差阳错的喜欢上了杨过，但却给杨过带来了不同的命运。与此同时蒙古大军对南宋山河虎视眈眈，杨过面对国仇家恨以及儿女情仇，终于从浪荡少年变成了一代神雕大侠，苦等16年后与小龙女也最终修成正果。

2006版《神雕侠侣》改编自金庸同名武侠小说，由于正担任编剧，黄晓明饰演杨过，刘亦菲饰演小龙女。该剧延续了原著的浪漫爱情主线，同时对部分情节进行了改编，着重刻画人物内心世界和情感纠葛，使其更符合现代观众的审美。

故事始于南宋末年，杨过因父母被杀而流落江湖，后被郭靖黄蓉收留，却因其顽劣性格和古怪身世屡遭其他弟子排挤，最终被送往全真教学习武功。全真教道士对他刻薄苛待，杨过忍无可忍，愤然出走，误入活死人墓，遇到小龙女。

小龙女是古墓派掌门，清冷孤傲，武功高强。她收留杨过，并传授他古墓派的武功，两人朝夕相处，彼此倾心，最终陷入热恋。这段超越世俗的爱情，成为贯穿全剧的核心，也是该剧最令人动容的部分。

然而，他们的爱情之路充满坎坷。杨过与小龙女性格差异巨大，加上江湖纷争的干扰，两人经历了无数磨难。杨过在江湖闯荡中，结识了郭芙、程英、陆无双等女子，也卷入了与金轮法王、李莫愁等武林邪恶势力的斗争中，一次次展现其侠肝义胆和过人的天赋。

其中，李莫愁对杨过的仇恨贯穿始终，她因爱生恨，最终走向邪恶之路，成为杨过与小龙女感情道路上的最大阻碍之一。郭芙的刁蛮任性也导致杨过与郭靖黄蓉之间的矛盾不断升级，更直接导致了杨过断臂的悲剧，也为日后杨过与小龙女十六年的分离埋下伏笔。

杨过在经历了断臂之痛、小龙女被尹志平玷污、与小龙女十六年分离等一系列打击后，最终凭借其坚韧不拔的意志和对小龙女的矢志不渝的爱，克服重重困难，最终与小龙女重逢并携手回归江湖。

在这十六年分离期间，杨过历经磨难，成长为一个顶天立地的英雄。他结识了郭襄，并对其产生了深厚的兄妹之情，郭襄对杨过的爱慕也成为剧中的一大看点。杨过凭借其卓越的武功和侠义精神，在襄阳大战中发挥了至关重要的作用，为保卫国家做出了巨大贡献。

最终，杨过和小龙女选择归隐江湖，过着与世无争的生活。他们的爱情故事，感动了无数观众，也成为了武侠剧永恒的经典。

与原著相比，2006版《神雕侠侣》在一些细节上进行了调整，例如增加了部分感情戏份，使人物形象更加丰满，也更符合现代观众的审美。但总体而言，该剧忠实地再现了原著的精髓，将杨过与小龙女之间刻骨铭心的爱情故事，以及他们波澜壮阔的江湖历程，生动地展现在观众面前。剧中大量的武打场面，也展现了其制作的精良之处。然而，也有一些观众认为该剧对原著的部分改编并不尽如人意，但不可否认的是，这部剧在当时取得了巨大的成功，并成为许多人心目中经典的神雕版本。