ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。

《精灵宝可梦XYZ》是精灵宝可梦动画系列的第17部作品，也是XY系列的最终章，故事延续了XY篇章，讲述了小智一行人在卡洛斯地区的冒险故事，并最终迎来了与最终反派队的对决。与前作相比，XYZ篇章的剧情更加成熟，主题更加深刻，战斗场面也更加激烈，角色刻画也更加细腻。

故事开始于小智一行人继续在卡洛斯地区旅行，他们结识了新的伙伴——拥有超强实力的瑟蕾娜、拥有可靠的战斗能力的柚丽卡和拥有非凡实力且神秘的希特隆。他们共同挑战道馆，参加华丽大赛，并与各种各样的宝可梦训练家对战，不断磨练自己的实力，同时也在旅途中加深了彼此之间的友谊。

然而，平静的表面下暗藏着巨大的危机。一个名为“火箭队”的反派组织依旧在暗中活动，他们妄图利用宝可梦的力量征服世界。而更强大的威胁来自于一个名为“TeamFlare”的邪恶组织。TeamFlare的首脑，一个名叫芙蓉的女人，妄图利用终极武器“究極爆彈”毁灭世界，并创造一个只有她认为“美丽”的世界。她认为，只有纯净的宝可梦，才能创造一个完美的世界。为了实现这个目标，她不惜一切代价，收集强大的宝可梦，并进行残酷的实验。

小智一行人在旅途中逐渐发现了TeamFlare的阴谋，并与他们展开了激烈的对抗。他们不仅要面对TeamFlare的强大实力，还要面对自身的挑战。小智不断地提升自己的实力，挑战强大的对手，并与他的宝可梦们建立了更加深厚的羁绊。皮卡丘、甲贺忍蛙、烈箭鹰等宝可梦都展现出了超乎寻常的实力，并且与小智之间产生了强大的心灵感应，甚至进化出了独特的羁绊进化形态。尤其值得一提的是小智的甲贺忍蛙，它与小智的羁绊进化，展现了超乎寻常的战斗力和默契配合，成为了对抗TeamFlare的重要力量。

瑟蕾娜在华丽大赛中不断进步，最终获得了冠军，实现了她的梦想。她与小智之间的感情也在不断升温，彼此之间互相鼓励，共同面对挑战。柚丽卡虽然年纪小，但她对宝可梦的热爱和对哥哥的关心让她在团队中扮演了重要的角色。希特隆则用他精湛的机械技术和策略，为团队提供了重要的支持。

在与TeamFlare的最终决战中，小智一行人团结一心，共同对抗芙蓉及其手下。这场战斗不仅考验了他们的实力，更考验了他们的勇气和决心。他们用自己的力量和勇气，粉碎了TeamFlare的阴谋，阻止了“究極爆彈”的爆炸，守护了卡洛斯地区，乃至整个世界。

最终，小智一行人与各自的伙伴告别，各自踏上了新的旅程。虽然告别令人伤感，但他们共同经历的冒险与友谊，将成为他们人生中宝贵的回忆。XYZ篇章并没有一个简单的“大获全胜”的结局，而是在战斗的胜利之后，展现了更加深刻的主题，例如友谊、成长、责任和梦想。它更加强调了人与宝可梦之间的羁绊，以及在追求梦想的过程中所付出的努力和牺牲。XYZ篇章用更加成熟的剧情和深刻的主题，为XY系列画上了一个圆满的句号，同时也为小智的宝可梦旅程增添了浓墨重彩的一笔。小智的成长，以及他和伙伴们之间的羁绊，构成了这部作品的核心，也让它成为了众多精灵宝可梦系列作品中，尤为经典的一部。