酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……

在宁静繁华的东京，帝丹高中普通二年级学生工藤新一是一位颇具天赋的高中生侦探，以敏锐的推理和卓越的观察力著称。然而，一次偶然的机会，他目睹了黑衣组织的神秘交易，险些丧命。幸亏及时被组织的神秘药物APTX4869所救，新一的身体却意外缩小成了一个小学生的模样。

为了隐瞒自己的真实身份，新一化名为江户川柯南，寄住在青梅竹马毛利兰的家中。他利用自己的“小学生”身份，暗中调查黑衣组织和自己的缩小事件。与此同时，他还协助毛利小五郎侦破各种离奇案件，以非凡的推理能力和冷静的头脑屡破奇案，成为名震四方的“沉睡小五郎”。

在侦破案件的过程中，柯南与拥有极强空手道实力、性格豪爽的毛利兰以及胆小怕事、却热心助人的吉田步美、元太和光彦等一群可爱的孩子们建立了深厚的友谊。他们组成了“少年侦探团”，一起经历了无数的冒险和挑战。

然而，柯南的缩小身份始终是一个秘密，只有少数人知情。随着调查的深入，黑衣组织也逐渐发觉了柯南的存在，并展开了多次追杀。柯南在与组织的斗争中，遇到了许多形形色色的危险人物，包括冷酷无情的琴酒、神秘莫测的贝尔摩德、冷酷干练的伏特加和冷艳高傲的雪莉等。

柯南与黑衣组织的较量日益激烈，他不断地收集有关组织的情报，并暗中保护身边的人免受伤害。同时，他也利用自己的侦探才能，帮助警方侦破了许多错综复杂的凶杀案，赢得了警方的信任和支持。

在一次次惊险刺激的冒险中，柯南的推理能力也在不断提升。他凭借渊博的知识、敏锐的洞察力和天马行空的想象力，总是能从细微的线索中发现真相，揭开重重迷雾，将罪犯绳之以法。

随着剧情的推进，柯南的真实身份也逐渐浮出水面。毛利兰、服部平次、白马探等好友先后发现了他的秘密，并加入到对抗黑衣组织的斗争中。他们在柯南的领导下，共同面对重重困难和危险，誓要揭开黑衣组织的神秘面纱，并为被组织夺走生命的亲人报仇。

在一次又一次的险境中，柯南与黑衣组织的斗争也受到了国际刑警组织的关注。他们派出了赤井秀一、安室透等卧底潜伏在组织内部，与柯南里应外合，逐渐瓦解黑衣组织的势力。

最终，在柯南的不懈努力和众人的支持下，黑衣组织的罪恶阴谋被彻底粉碎，组织的成员一一落网。柯南也恢复了原来的身体，与毛利兰和他的朋友们过上了平静而幸福的生活。

《名侦探柯南》的故事跌宕起伏，悬疑丛生，人物刻画鲜明饱满。它不仅谱写了一曲智慧与勇气的赞歌，更传递了正义必胜、邪恶终将被绳之以法的永恒真理。