民国初年，九叔带着两个徒弟行医济世，不料却被卷入一场诡异杀人案件中，一口沉入黄河的百年血棺惊现岸边，吉祥镇贪婪大队长贪财好色，为一己私欲，不听村民劝阻私自开启血棺，顿时猫僵出棺，横尸一片。幸亏九叔师徒及时赶到，暂控猫僵。九叔师徒冒雨连夜护送血棺，夜宿客栈，诡异掌柜夫妻，暗藏凶灵，前方暗藏杀机，镇中危机四伏，吉祥镇究竟暗藏了多少不为人知的阴谋？一场正邪大战，一触即发……

《九叔归来2》紧接上一部，讲述了九叔林九（林正英饰演）再次面对邪祟入侵的故事，时间背景设定在民国时期的一个偏远山村。上部中九叔虽然暂时封印了强大的魔物，但邪恶的力量并没有彻底消失，反而在暗中积蓄，伺机卷土重来。

故事伊始，平静的山村突发怪事。村民们开始出现离奇死亡事件，死者面色惨白，毫无痛苦，但却眼神空洞，仿佛被某种邪恶力量操控。与此同时，村里世代守护的祖祠中供奉的神像也开始流血，预示着不祥之兆。村长无奈之下，只能再次求助于远在城中的林九。

林九接到求助后，带着他的徒弟秋生和文才赶往山村。然而，这次他们面对的敌人远比之前更加强大和狡猾。并非单纯的僵尸或鬼怪，而是一个拥有强大法力的邪恶祭祀，他利用古老的邪术，控制了村中许多村民，甚至操控了自然界的元素，制造出大规模的异常天气，试图将整个山村化为他的邪恶祭坛。

秋生和文才在调查过程中屡屡碰壁，他们的法术在面对这个邪恶祭祀时显得苍白无力。他们不断遭遇各种陷阱和袭击，险象环生。秋生依旧滑稽搞笑，但他也在逐渐成长，展现出比以往更加成熟和勇敢的一面；文才依然胆小谨慎，但关键时刻也能挺身而出，发挥出意想不到的作用。

林九凭借着多年的经验和高超的法术，逐步揭开邪恶祭祀的阴谋。他发现邪恶祭祀的目标并非单纯的屠杀村民，而是要利用村中的一处古老地脉，开启一个通往阴间的大门，释放出更强大的邪恶力量，从而统治人间。这处地脉与上部中出现的魔物有着千丝万缕的联系，邪恶祭祀正是利用了魔物残留的力量来增强自己的实力。

在调查过程中，林九也发现了隐藏在村庄背后的秘密。原来，村庄的历史远比表面上看起来更加复杂，邪恶祭祀的出现并非偶然，而是与村庄的历史恩怨和古老的诅咒息息相关。林九需要解开这些历史谜团，才能找到彻底击败邪恶祭祀的方法。

最终的决战在村庄的祖祠展开，邪恶祭祀祭起了巨大的邪神法阵，试图开启阴间大门。林九带领秋生和文才，与邪恶祭祀展开殊死搏斗。这场战斗不仅是法术与邪术的较量，更是正义与邪恶的较量。林九运用了他毕生所学，施展出威力强大的法术，最终将邪恶祭祀封印，阻止了阴间大门的开启。

然而，在封印邪恶祭祀的过程中，林九也付出了巨大的代价，身受重伤。虽然最终正义战胜邪恶，但这场战斗也给林九和他的徒弟们留下了深深的阴影，也让他们更加深刻地认识到邪恶力量的强大和守护人间和平的责任。结尾暗示，邪恶的力量并未完全清除，新的威胁或许正在酝酿之中，为后续剧情埋下伏笔。影片以九叔凝重的神情以及远方阴沉的天空结束，留下无尽的悬念。