在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

《福音战士新剧场版：破》

序幕：

故事发生在《福音战士新剧场版：序》事件的14年后。世界遭到了第三次冲击，人类文明濒临灭绝。

第一章：破晓之翼

14岁的碇真嗣被神秘组织NERV征召，驾驶巨大的机器人福音战士初号机。NERV的指挥官葛城美里解释说，真嗣必须与被称为使徒的巨大人形外星人作战，以防止第四次冲击。

真嗣遇到了他的同期驾驶员绫波丽和明日香，她们驾驶着零号机和二号机。三人组成了一支团队，共同对抗使徒的威胁。

第二章：第二使徒

使徒袭击了东京-3，真嗣和他的团队出动迎战。真嗣起初不情愿，但最终克服了恐惧，激活了初号机的狂暴模式，成功击败了使徒。

第三章：校舍

真嗣、绫波和明日香开始在NERV总部附近的学校上学。他们遇到了一群普通学生，包括真嗣的同学相田剑介。

真嗣对自己的处境感到矛盾，他既渴望过正常的生活，又不得不与使徒作战。他与绫波建立了亲密的关系，绫波是一个神秘而孤独的少女。

第四章：第三使徒

第三使徒出现，袭击了学校。真嗣和他的团队赶到现场，但被使徒压倒。在关键时刻，綾波牺牲自己，使用零号机消灭了使徒。

第五章：觉醒的使徒

真嗣对绫波的死感到悲痛欲绝。与此同时，NERV开始研究绫波的遗体，发现它具有特殊的再生能力。

第四使徒出现，比之前的使徒更加强大。真嗣与使徒激战，在使徒体内发现了绫波的灵魂。

第六章：第五使徒

第五使徒袭击了NERV总部。真嗣和他的团队竭尽全力抵御攻击，但NERV陷入困境。在绝望之际，初号机与绫波的灵魂融合，产生了强大的力量。

真嗣和初号机击败了第五使徒，但融合过程导致真嗣失去了意识。

第七章：孩子们

真嗣醒来后发现自己被关在NERV总部的地下室。葛城美里告诉他，NERV已经夺取了他的记忆，并对他的精神进行了改造。

真嗣被带到SEELE的总部，那里聚集了NERV的创始人之一碇源渡。碇源渡透露了人类进化计划，即通过仪器性补完，将所有人类意识合为一体。

第八章：逆袭

真嗣拒绝了仪器性补完，决定与Seele和NERV作战。他与明日香和剑介合作，逃离了SEELE总部。

真嗣驾驶初号机与NERV的军队交战，并最终面对碇源渡。在激烈的战斗中，真嗣在绫波的帮助下击败了碇源渡。

第九章：新生

随着碇源渡的失败，NERV崩溃，SEELE的计划破灭。真嗣、明日香和剑介逃离了废墟，开始了新的生活。

然而，故事并没有结束。一个神秘的组织WILLE出现了，他们宣称拥有对抗使徒和其他威胁的手段。真嗣和他的朋友们将面临新的挑战和未知的未来。