来自大陆的杀手李强（周润发 饰）只身来到了美国，为了将还在家乡的母亲和妹妹接来美国一家团聚，无奈之下他只好向纽约曼哈顿唐人街的黑帮老大魏先生借钱。此时，魏先生的儿子因为在毒品交易中逃避警察而意外坠楼身亡，李强正好成了魏先生复仇的棋子。 　　李强被派去杀害执行这次缉毒行动的负责人斯坦警官和他的家人，当他发现斯坦警官的儿子年仅7岁时，对家人的牵挂令他怎么也下不了手。行动失败后，不仅李强的生命受到了威胁，连他原在大陆的家人也面临杀身之祸。为了逃回家乡拯救家人，李强和魏先生派来的杀手展开了一场角力！

《替身杀手》讲述了一个关于身份、谎言和复仇交织的故事，剧情围绕着一位名叫林夕的年轻女子展开。林夕拥有着惊人的模仿能力，能够完美复制任何人的外表、声音和行为举止，这让她成为了一名“替身杀手”。她并非出于自身的恶意，而是在被神秘组织“幽灵”利用，被迫执行着各种危险的任务。

故事开始于林夕被组织收留的那一天。她从小在孤儿院长大的，没有亲人，也没有记忆，只知道自己拥有着与众不同的天赋。组织的首脑，代号为“影子”的神秘人物，发现了林夕的潜能，并将其训练成为一名完美的替身杀手。林夕接受了残酷的训练，磨练出超强的观察力和模仿能力，同时也被灌输了绝对服从的思想。

多年的任务执行，让林夕麻木地执行着一个个指令，杀害目标，然后悄无声息地消失。她像幽灵一样游走在法律的边缘，内心却充满了挣扎和痛苦。她渴望自由，渴望知道自己的身世，更渴望摆脱被操控的命运。

一次任务中，林夕被指派暗杀一名政界要员，代号为“猎鹰”。在执行任务的过程中，林夕却发现了“猎鹰”的真实身份，以及“幽灵”组织隐藏的惊天秘密。原来，“猎鹰”并非一个十恶不赦的罪犯，而是“幽灵”组织内部矛盾的牺牲品，被陷害的清白之人。而林夕长期以来执行的任务，也并非正义之举，而是为“幽灵”组织清除异己，掩盖其罪行。

这个发现彻底击碎了林夕的信念，让她开始怀疑自己过去所做的一切。她意识到自己被利用了，成为了一个杀人工具。林夕开始反抗，她利用自己的能力，巧妙地将“猎鹰”救出，并寻找证据揭露“幽灵”组织的罪行。然而，“影子”和组织成员穷追不舍，林夕不得不一边躲避追杀，一边收集证据。

在逃亡过程中，林夕结识了一名正义的记者，李维。李维被林夕的故事所吸引，并决定帮助她揭露“幽灵”组织的真相。李维的调查能力和林夕的特殊技能形成了完美的配合。他们共同收集证据，一步步揭开了“幽灵”组织的层层迷雾，发现该组织的背后隐藏着一个庞大的国际犯罪集团。

最终，在李维和一些正义之士的帮助下，林夕成功地将“幽灵”组织的首脑绳之以法，并将组织的罪行公之于众。然而，这场正义的斗争也让她付出了巨大的代价。她失去了很多，也经历了难以想象的痛苦，但同时，她也找到了属于自己的救赎和自由。

故事的结尾，林夕选择隐姓埋名，远离喧嚣的都市生活，开始寻找自己的过去，追寻属于她自己的身份和归属。她曾经是一个被操控的替身杀手，如今，她终于成为了自己命运的主人。这个结局并非完美无缺，反而留下了许多悬念，例如林夕的身世之谜，以及“幽灵”组织是否还有余孽等等，为观众留下无尽的思考空间。故事也展现了人性的复杂和挣扎，以及在黑暗中寻找光明和希望的勇气。