托马斯（迪伦·欧布莱恩 Dylan O'Brien 饰）、米诺（李基弘 Ki Hong Lee 饰）一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森（艾丹·吉伦 Aidan Gillen 饰）所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危险的焦土。　　影片改编自詹姆斯·达什纳撰写的同名反乌托邦科幻小说三部曲的第二部。

《移动迷宫2：焦土试炼》剧情

在第一部电影《移动迷宫》的事件发生后，托马斯、纽特、米诺和特蕾莎以及其他格莱德逃离了迷宫，来到了焦土——一个荒凉而炎热的世界，到处都是感染了病毒的可怕生物——螃蟹怪和发条人。

他们和另一群幸存者——被称为“庇护所”——汇合，庇护所是由名为Janson的无情领导者统治的。Janson声称自己是在寻找治疗病毒的治愈方法，但他实际上在为一个神秘组织——WCKD——工作，该组织负责创造病毒和迷宫。

托马斯怀疑Janson的动机，并与其他格莱德一起策划了一场逃跑。然而，他们的计划被挫败，他们被迫加入庇护所，等待WCKD的进一步指示。

与此同时，特蕾莎偷偷与WCKD联系，透露她一直是该组织的间谍。她告诉Janson，托马斯免疫病毒，并知道一个可以找到治愈方法的地方——一个名为“最后的避难所”的堡垒。

Janson将格莱德带到最后的避难所，但当他们到达时，他们发现那里已经被废弃了。原来，WCKD已经用病毒炸毁了避难所，杀死了那里的所有人。

格莱德悲痛欲绝，意识到他们被Janson和WCKD利用了。他们决定对Janson进行反击，夺取他的直升机并逃离。

在逃离过程中，他们遇到了一个名叫布伦达的女人，她带着另一群幸存者。布伦达告诉他们，WCKD正在寻找一种免疫病毒的方法，以便他们可以控制世界。

托马斯、纽特、米诺、特蕾莎和其他人与布伦达的团队联合起来，共同对抗Janson和WCKD。他们制定了一个计划，将Janson引诱到一个偏远的地区，在那里他们可以将他击败。

战斗激烈而残酷。Janson被杀，WCKD的计划也被挫败。然而，特蕾莎为了保护托马斯而牺牲了自己。

随着WCKD的阴谋被揭露，托马斯和幸存者们终于可以寻求庇护，远离病毒和WCKD的威胁。他们开始一个新的生活，希望找到一个没有危险和压迫的世界。