《红色派系：起源》的故事将沿用游戏的背景和人设：自Alec Mason带领火星殖民地重获自由已经过去了25年，而他的妻子被杀，女儿Lyra被绑架也过去了12年，Alec自那时起便已是一名破碎的英雄。他剩下的唯一的儿子，Jake Mason，现在已经成为了红派民兵(Red Faction Militia)的军官，当他发现12年前被绑架的妹妹至今还活着时，他的世界被颠覆了。 　 即使有新的敌人蜂拥至火星，但Jake依旧决定去寻找他的妹妹，但他发现Lyra现在却成了敌对势力的一员，一个冷血的战士，发誓要毁掉红派(Red Faction)。Kate Vernon将饰演The Matriarch，入侵者的族长。

《红色派系：起源》是一款以射击游戏为主的游戏，并非电影。其故事情节围绕着红色派系（RedFaction）革命的起源展开，讲述了在火星殖民地玛尔斯（Marte）上发生的一系列事件，解释了红色派系这个反抗组织是如何形成的。

故事发生在2220年，地球资源枯竭，人类开始大规模移民火星。然而，地球联邦（EDF）的殖民统治贪婪且残酷，对火星矿工进行压榨，生活条件极差，并对任何反抗行为采取暴力镇压。主人公库珀（AlecMason）是EDF的一名矿工，他与他的弟弟达里尔（Darryl）一起在火星上工作，过着艰苦的生活。

弟弟达里尔对EDF的压迫感到不满，积极参与地下反抗活动。库珀起初比较谨慎，只想保护家人和自己，并不愿卷入政治斗争。然而，一次EDF的残酷镇压行动直接导致达里尔被杀害，以及亲眼目睹EDF的暴行，彻底激怒了库珀。这成为了他反抗的导火索。

目睹弟弟死亡的创伤以及EDF持续的暴行，促使库珀加入了由萨姆·哈克特（SamHaskell）领导的反抗组织——火星革命军的雏形。在革命军的协助下，库珀逐渐掌握了各种先进武器和战斗技巧，并开始领导小队进行游击战，破坏EDF的设施，解放被压迫的矿工。

库珀在与EDF的对抗中逐渐成为了一个优秀的领导者，他的战斗技能和领导才能赢得了其他反抗者的尊重和信任。他通过一系列的爆炸袭击、暗杀行动和解放矿工营地，不断削弱EDF在火星上的控制力，并逐渐壮大反抗军的力量。

游戏中的“地球破碎器”——一种利用特殊能源进行地貌破坏的武器，也成为了反抗军的重要武器，它不仅用来破坏EDF的设施，也象征着反抗军反抗压迫的决心和力量。最终，库珀领导的革命军推翻了EDF的统治，为建立一个自由的火星殖民地奠定了基础，也为红色派系这个反抗组织的诞生埋下了伏笔。故事的结局并非一蹴而就的胜利，而是反抗军争取自由的漫长而艰难的斗争的开始。库珀的个人成长和反抗军的壮大共同构成了《红色派系：起源》的核心剧情。